Mais pour le début de saison 1978, la nouvelle bête n’est pas encore prête, poussant la 78 à reprendre du service. Et il faut dire que la monture noire et or n’a pas perdu de ses performances durant l’hiver, Andretti dominant de la tête et des épaules le premier rendez-vous en Argentine. Mais lors des quatre meetings suivants, la concurrence refait surface. D’autant plus qu’avec deux podiums en cinq grands-prix, les rêves de couronne mondiale semblent quelque peu altérés. Ce n’est qu’à Zolder que la roue tourna enfin en faveur de l’américain. Avec la toute nouvelle 79, Chapman espère écraser la discipline et faire de son poulain le prochain champion du monde. Pour avancer cela, il compte notamment sur les résultats plus que probants de sa nouvelle création en piste et en soufflerie, menés en grande partie par Andretti. Le talent de mise au point de l’américain sera plus que bénéfique pour l’écurie anglaise en cette saison 1978. Pour sa première sortie officielle, la 79 colle presque huit dixièmes à toutes les autres monoplaces et en course, personne ne pourra jamais l’inquiéter. A Jarama, la sanction est la même pour toutes les autres voitures : pole, meilleur tour, et victoire du grand Mario, de nouveau devant son équipier Peterson, fraîchement doté de la Lotus révolutionnaire. Mais en Suède, grande nouveauté : Brabham présente sa BT46B et son étonnant ventilateur arrière. Dès lors, Chapman prend peur devant cette machine si spéciale. Pourtant, c’est bien son pilote n°1 qui réalisa la pole, bien aidé par le ralentissement volontaire des deux Brabham. Le lendemain, la machine rouge de Lauda vole littéralement et même si Andretti se voit contraint de renoncer sur souci moteur, il n’aurait pas pu empêcher le triomphe de l’autrichien. Mais rapidement, de nombreuses voies s’élèvent contre cette monoplace jugée illégale par beaucoup. Elle finira par ne plus être autorisée au départ d’un grand-prix, pour le grand soulagement d’un Chapman particulièrement inquiet de ses performances. A partir de ce moment-là, les Lotus devinrent seules au monde. Vainqueur en France, puis en Allemagne, puis aux Pays-Bas, l’américain doit faire face à un seul et unique adversaire : son équipier Peterson. Bien qu’ayant le statut de numéro deux, le suédois profite bien des pépins mécaniques auxquels est confronté Andretti à Brands Hatch ou sur l’Österreichring. Mais le fruit du travail des deux hommes s’avèrent plus que payant. En quittant Zandvoort, Chapman voit son écurie auréolée d’une septième étoile. Il ne reste plus qu’à décerner le titre de champion pilote. En arrivant à Monza, les équipiers Lotus sont séparés de douze petits points, à l’avantage de Mario, mais le destin en décida autrement. Sur le très rapide tracé italien, le départ est souvent critique. 1978 n’y fit pas exception. Au milieu du paquet, les voitures s'accrochent et se percutent. Le malheureux Peterson fut pris dans cet incident. Il en sortira fortement injurié. L’épreuve est bien entendu arrêtée mais un second départ est donné. Pour éviter la cohue du premier virage, Andretti et Villeneuve n’hésitent pas à s’élancer avant l'extinction des feux pour éviter tout grabuge. Cela leur vaudra une minute de pénalité à l’arrivée. Malgré sa bonne course face à Villeneuve et son passage en premier sous le drapeau à damier, l’américain n’est classé que sixième. Mais plus que la pénalité, c’est l’accident du départ qui fait parler. Dans un état assez grave, Peterson ne pourra sans doute pas reprendre le volant pour se battre pour la couronne, faisant d’Andretti le probable champion 1978. C’est le lendemain que tout bascula : opéré en hâte à Milan, le suédois ne survivra pas à une embolie subite. Cette nouvelle choque le monde de la Formule 1 et surtout Mario et Chapman. Cette fois c’est sûr, l’américain est bien champion mais le cœur n’y est pas. Cette tragédie finira par le suivre tout le long de sa carrière. Certes, le titre est scellé entre ses mains mais jamais Mario n’avait souhaité l’emporter de cette façon. Si la pole lui revient pour l’avant-dernière manche de la saison à Watkins Glen, il n'inscrit finalement aucun point supplémentaire. Une fois la saison 1978 terminée, l’écurie Lotus s’attend à un retour de la concurrence avec le développement des nouvelles voitures à effet de sol. La 79 reste tout d’abord de la partie mais rapidement, c’est la Ferrari 312 T4 qui sort son épingle du jeu. Après la sortie ratée de la 80, ne couvrant que trois courses, l’équipe anglaise ressort sa 79 désormais dépassée. Sur les dix derniers rendez-vous de 1979, Andretti renoncera à neuf reprises, ne finissant dans le top trois qu’une seule fois. Ce sera même pire en 1980. Avec une Lotus 81 des plus médiocre, l’américain n'inscrit qu’un seul petit point lors du tout dernier meeting. Dans une écurie incapable de se battre pour les avants-postes, le champion 1978 décide alors de retourner en Italie, non pas chez Ferrari mais Alfa Romeo. Hélas, le choix ne fut pas le meilleur. Quatrième d’emblée à Long Beach, il ne retrouvera jamais le chemin des points. Cette fois, c’est la saison de trop : l’américain se retire de la Formule 1 sans pour autant annoncer sa retraite sportive et pour cause, à quarante-et-un an, le grand Mario estime qu’il a encore beaucoup de choses à prouver, notamment aux Etats-Unis. Il y fit pourtant une apparition très remarquée lors des 500 Miles d’Indianapolis, achevant la classique américaine en seconde place, avant de récupérer la victoire sur tapis vert, avant que le classement ne soit finalement rétabli quelques mois plus tard.