Car le chef d’écurie australien est aussi à la tête de la petite Scuderia. Les ambitions sont très faibles mais l’envie d’apprendre y est. Pour son premier départ, chez lui à Melbourne, Webber domine son équipier ainsi que les Jaguar et la Jordan de Sato. En évitant l'impressionnant carambolage du premier virage, il s’offre même le luxe de viser le top 10, voire mieux. Huitième après le premier tour, il profite des abandons devant pour remonter à la cinquième place, se retrouvant à la lutte avec Salo et sa Toyota dans les derniers tours, défendant comme jamais. Ce résultat, aussi inattendu soit-il, fait rêver les australiens venus en nombre. Pour sa première apparition et ses premiers points, il s’autorise, avec Stoddart, une irruption sur le podium pour saluer la foule. Étonnamment, ce sera sa seule venue sur ce podium, pourtant non-officiel. Ce sensationnel résultat resta sans suite tant la Minardi est médiocre. En Espagne, les italiennes ne sont même pas admises au départ, faute d’ailerons se détachant tout seul. Malgré de belles remontées et une huitième place en France, son avenir semble déjà écrit en pointillés. Fort heureusement, l’écurie Jaguar, fraîchement séparée de ses pilotes De la Rosa et Irvine, cherche un nouveau leader pour mener à bien ce projet fou lancé par Ford. Webber s’habille donc désormais de vert mais sait pertinemment que les points seront difficiles à accrocher. La fiabilité est loin d’être le point fort de la nouvelle R4 vantée par Niki Lauda et pourtant, lors du troisième meeting de l’année, à Interlagos, l’australien réussit l’exploit de se hisser au troisième rang sur la grille de départ. Les conditions météo sont terribles mais la voiture verte tient son rang, ne perdant que quelques places. Les accidents se succèdent mais Webber tient le coup jusqu’à ce cinquante-quatrième tour où un terrible aquaplanning l’envoya tout droit déchiqueter un mur de pneus. Sa monture est détruite mais le pire est à venir lorsqu’Alonso percuta de plein fouet l’une des roues perdues au milieu du circuit, donnant lui à un véritable carnage devant la voie des stands. Si l’espagnol est touché aux chevilles l’australien s’en sort miraculeusement. Il réalise une nouvelle belle prestation en qualifications à Imola avec le cinquième temps mais après un départ complètement manqué, ses espoirs de points furent douchés. Mais peu à peu, Webber se montre de plus en plus rapide et fiable, comme en témoignent ses dix-sept unités inscrites tout au long de la saison, soit la quasi-totalité des points scorés par son équipe cette année-là. Mais beaucoup de travail reste encore à accomplir car avec au mieux une sixième place, le pilote Jaguar n’a toujours pas égalé son meilleur résultat avec Minardi. A Indianapolis, il court ses premiers tours en tête au gré des ravitaillements mais une averse subite lui fit perdre le contrôle de sa monture qui s’échoua dans les graviers. Reste qu’en une année, l’australien aura farouchement dominé ses équipiers Pizzonia puis Wilson. Ford se retire de plus en plus de la Formule 1, ce qui n’augure rien de bon pour l’année 2004 et pourtant, Webber réussit l’exploit de se qualifier au second rang du grand-prix de Malaisie mais sous la pression, il céda bien vite avant d’abandonner. La Jaguar R5 est ratée et peu fiable, ce qui ne l’empêche pas de largement devancer son équipier Klein avec qui, pourtant, il s'accrocha deux fois cette saison-là. A Monaco, son anglaise, parée d’un diamant incrusté dans le museau, ne franchit pas la ligne d’arrivée mais au moins la pierre précieuse était encore en place. Avec ses sept points au compteur et une nouvelle belle qualification au Japon, Webber décide de quitter Jaguar, alors rachetée par le géant de la boisson énergisante Red Bull, pour rejoindre, enfin, une équipe de haut niveau : Williams-BMW.

Et pourtant, la Red Bull RB7 de 2011 est de loin la meilleure voiture conçue par le team autrichien. Les échappements soufflés sont utilisés à la perfection ce qui offre un gain de performance non négligeable aux voitures championnes. Mais il est un changement qui modifia beaucoup de choses cette année-là : le passage aux pneumatiques Pirelli et leur dégradation très élevée. Webber avouera avoir beaucoup de difficultés à les exploiter dans le trafic. Malgré tout, l’australien demeure très constant, se battant pour le podium à quasiment chaque rendez-vous, même en Chine où il ne s’élançait pourtant que dix-huitième. Poleman en Espagne , en Grande-Bretagne et en Allemagne, il ne parvient cependant pas à concrétiser le lendemain, se faisant battre à plate couture par son équipier allemand, dominateur comme à l’époque Schumacher. Webber sait que son écurie se porte à cent pour cent derrière Vettel mais les points qu’il ramène sont loin d’être négligeables. Il connaît son seul abandon de l’année à Monza, sur sortie de piste après un contact avec Massa, mais le reste du temps, c’est dans le top 5 qu’il achève toutes ses courses. A Spa-Francorchamps, il régale le public et les téléspectateurs en osant une magnifique manœuvre de dépassement sur Alonso dans le Raidillon. Ce n’est que lors de la dernière de l’année que la victoire lui revient enfin, bien aidé par les soucis de boite rencontrés par l’autre Red Bull. Troisième au championnat, l’australien pense déjà à l’avenir, encore incertain. En cette saison 2012, la Red Bull n’est plus la machine de prédilection, talonnée par les McLaren et Lotus. Ses départs sont toujours moyens et ses problèmes de KERS récurrent mais pour ses quatre premiers départs, Webber aligne les quatrièmes places. Après un week-end compliqué en Espagne, il hérite de la pole perdue de Schumacher à Monaco avant de remporter, le lendemain, son deuxième succès en principauté. Il récidive un peu plus tard à Silverstone, maintenant une solide deuxième place au championnat du monde, à une vingtaine de points d’Alonso. Plus important, l’australien devance son équipier allemand mais le réveil de ce dernier ne saurait tarder. Durant la seconde moitié de cette folle campagne, Vettel remonte la pente et engrenge victoires sur victoires, là où l’autre pilote Red Bull essuie plusieurs résultats blancs. A Suzuka, il est harponné par un Grosjean tout juste remis de sa suspension, lui faisant perdre tous espoirs de titre en fin d’année. La sanction sera la même à Abu Dhabi, percuté par ce même pilote Lotus. Son iconique malchance le suit perpétuellement, à croire qu’un chat nior ce soit glissé dans son baquet. La paire de pilotes Red Bull reste inchangée en cette année 2013, année du déchirement. C’est en Malaisie que l’histoire bascula à tout jamais pour Webber. Alors qu’il menait la course, l’équipe décida de figer les positions pour amasser un maximum de points à l’arrivée. Mais pour Vettel, hors de question de rester bloqué derrière son équipier. Les deux voitures s’échangent la première place, passant plusieurs fois à la limite du contact. Finalement, c’est le triple champion qui finira par prendre le premier le drapeau à damier, au grand dam d’un team autrichien désabusé. Sur le podium, les mines sont grises. Webber répète alors sans cesse “Multi 21”, nom de code donné à la consigne Red Bull. Cet évènement marquera un déchirement sans précédent entre les deux pilotes. Sa campagne se résuma alors en un triste rôle de spectateur, l’autre RB9 écrasant tout sur son passage. En Chine puis au Nürburgring, la perte d’une roue lui coûtera de nombreux points, finalement inutiles au vu de la situation comptable de son équipier. A Singapour, un abandon tardif l’oblige à s’arrêter en bord de piste. Alonso, qui passait lors du tour d’honneur, l'accueilla à bord de sa monoplace pour faire le taxi, ce qui ne plaira absolument pas à la FIA. Malgré deux poles au Japon et à Abu Dhabi, la victoire lui échappa tout le temps. Son heure est venue, l’envie n’y est plus. A Interlagos, Webber dispute son dernier grand-prix. Bien que courtisé par d’autres teams, comme Ferrari, il prend sagement la décision de s’arrêter là. Pour son dernier tour d’honneur, l’australien roule sans casque, une drôle de célébration forcément très remarquée.