Le quatrième grand-prix de la saison se déroule sur le rapide tracé de Zandvoort, aux Pays-Bas. Normalement, la Formule 1 devait se rendre sur le long et dangereux circuit de Spa-Francorchamps mais pour raison de sécurité, la GPDA pousse à l’annulation de la course. Ce sera chose faite quelques semaines avant la manche hollandaise, pour la plus grande satisfaction des pilotes emmenés par Stewart. Après l’interdiction ferme de la présence des ailerons hauts à Monaco, le CSI revient sur ses propos et autorise à nouveau ces appendices tout en ajoutant certaines règles de sécurité. Ainsi, les Matra retrouvent leur appui arrière avec l’apparition d’une aile placée directement sur le capot arrière, dans le prolongement de la ligne de la MS80, finalement très effilée. Dans le même temps, dans les ateliers Matra, une nouvelle monoplace voit le jour : la MS84 et ses quatre roues motrices. Pour l’instant, Stewart et Beltoise désirent réutiliser la MS80, même si l’équipe française souhaite faire courir sa nouvelle création. En course, la Lotus de Rindt mène les premiers tours mais touchée par le même pépin que les machines bleues à Monaco, la monture anglaise s’arrêta bien vite, laissant libre champ à l’écossais pour foncer vers sa troisième victoire en quatre grands-prix. Lointain huitième, le français n’aura jamais pu tirer le plein potentiel de sa voiture, souffrant d’un sous-virage très important tout le week-end. Puis arriva la manche à domicile pour Matra, le grand-prix de France à Clermont-Ferrand. Et sur leurs terres, les MS80 se comportent à merveille sur le sinueux tracé de Charade. L’écossais réalise d’ailleurs sa seconde pole position de l’année alors que quatre rang derrière lui, Beltoise, véritable chouchou du public, espère pouvoir accrocher le bon wagon. Dès l’abaissement du drapeau, Stewart part pour une nouvelle démonstration, empochant tout sur son passage. Derrière, son équipier remonte jusqu’en troisième place et se bat pour la seconde lorsque dans le dernier tour, son rival Ickx commet une erreur. Il n’en fallait pas plus pour le français qui s'infiltra devant la Brabham du belge pour assurer un magnifique doublé à domicile pour Matra. A Silverstone, si les françaises sont à nouveau favorites, c’est encore Rindt qui se montre le plus rapide en qualification. Le jour de la course, l’autrichien bataille dur face à un Stewart des grands jours, offrant au public anglais un spectacle remarquable. Mais comme trop souvent, la Lotus abdiqua trop tôt, laissant la MS80 filer vers une nouvelle victoire. Malgré une petite alerte moteur en fin d’épreuve, le leader du championnat s’impose pour la quatrième fois en cinq courses, dominant très largement le classement. Du côté de Beltoise, le grand-prix fut tout autre : prié d’utiliser la MS84 et ses quatre roues motrices, il ne parviendra jamais à se mettre dans le rythme, tournant à près de six secondes de son équipier. Il ne fait quasiment plus aucun doute sur le nom du futur propriétaire de la couronne mondiale. Du côté des constructeurs, l'histoire semble être la même. Matra caracole en tête, loin devant les Lotus et Ferrari.

La saison se poursuit sur le vertigineux tracé du Nürburgring et ses innombrables virages. Toujours très à l’aise, Ickx sait que sa seule chance de gagner une course se trouve ici. Le belge s’empare logiquement de la pole, battant de vingt-deux secondes le record de Clark réalisé en 1967. Mais si le pilote Brabham impressionne, Stewart n’est vraiment pas loin, ne rendant que trois petits dixièmes au bout des vingt-deux kilomètres du circuit. Pour Beltoise, cette épreuve est un vrai calvaire. Pris d’une grosse grippe, il peine à se montrer à son meilleur niveau. Le soleil brille pour le départ et si la Matra de l’écossais vire en tête, les problèmes débarquèrent rapidement. Touché au niveau de la boîte de vitesses, Stewart se voit contraint de ralentir s’il veut rallier l’arrivée. Ickx n’en demandait pas tant et s’empara du commandement pour ne plus jamais le quitter. Derrière lui, la MS80 tient bon malgré sa transmission bloquée en troisième ou cinquième vitesse. Moins de chance pour le français qui en plus d’être terriblement malade, voit l’une de ses suspensions rendre l’âme. En terminant deuxième, Stewart manque de peu le titre mais avec une telle avance au championnat, ce dernier ne peut lui échapper. Sur l’ultra-rapide tracé de Monza, les écuries abandonnent les ailerons pour gagner en vitesse de pointe. L’aspiration est la clé de la course et chacun sait que celui qui sera second, dans les échappements du leader à la sortie de la Parabolica sera le mieux placé pour s’imposer. Durant toute l’épreuve, le leadership change de voiture, passant entre les mains de Stewart, Rindt, Hulme ou Courage. Quand arriva le dernier tour, ils furent quatre à prétendre à la victoire : Stewart, Rindt, Beltoise et McLaren. Si les deux premiers se livrent une lutte féroce depuis le départ, les deux derniers entendent bien les coiffer au poteau. A l’entrée de la Parabolica, Beltoise freine plus tard que ses concurrents et prend la tête. Mais en sortant plus large, le français peine à réaccélérer au contraire de Stewart et Rindt. S’en suit une course de Dragsters jusqu’au drapeau à damiers, évidemment remportée par le pilote de l’année, Jackie Stewart. Il précède de huit petits centièmes son adversaire autrichien, de deux dixièmes son équipier français. Avec ce nouveau succès, l’écossais inscrit son nom au panthéon de la Formule 1 en remportant le titre de champion du monde des pilotes. De même, Matra accroche sa première étoile mondiale après avoir dominé cette saison 1969. Avec trois courses restantes, le team français espère étendre un peu plus sa suprématie lors de la tournée nord-américaine, conclusion d’une année victorieuse.

Mais à l’entame de cette dernière tournée, coup de théâtre dans le paddock. Stewart et Tyrrell annoncent leur désintérêt du projet à long terme Matra et leur iconique V12. Le duo champion se séparera donc en fin de saison après deux années de bons et loyaux services et surtout le titre en cette année 1969. Sans réel intérêt à présent, la Formule 1 conclut donc cette saison par trois épreuves nord-américaines : Canada, Etats-Unis, Mexique. A noter que pour ces trois rendez-vous, l’écurie Matra aligne de nouveau sa MS84 pour le prodige français Servoz-Gavin, un joli cadeau empoisonné. Après quelques tours, la victoire semble à nouveau se dessiner pour Stewart mais dans le ballet des retardataires, un contact l'envoie visiter les bas-côtés, heureusement sans gravité. Revenu sur ses talons, Ickx menace l’écossais mais au trente-troisième tour, les deux voitures se touchent. Poussé hors-piste, le champion du monde ne peut repartir, contrairement au belge nouveau leader. C’est l’abandon. Sur l’autre MS80, Beltoise se fait lui aussi chahuter et malgré une suspension en piteux état, il parviendra à rejoindre l’arrivée en quatrième position, deux places devant l’autre français et son étonnante machine. D’ailleurs, Servoz-Gavin devient le seul et unique pilote de l’histoire de la Formule 1 à inscrire un point à bord d’une monoplace quatre roues motrices, un exploit. Sur la piste américaine de Watkins Glen, l'équilibre aérodynamique de la MS80 les places à nouveau en tant que favorites, d'autant plus que le V8 Cosworth évolue une dernière fois, développant sa puissance maximale. Même si la pôle est ratée de peu, il ne faut que peu de tours pour voir Stewart s'emparer de la tête, avant que Rindt ne reprenne finalement son bien. C'est alors que son moteur commença à laisser échapper une fumée inquiétante. L'abandon est inévitable pour l'écossais. L'autre Matra ne s'en tira pas forcément mieux. Privée de son quatrième et cinquième rapport, Beltoise finira pas connaître la même sanction que son équipier, menant au second double retrait de la saison pour l'écurie française. Pour la dernière manche de la saison à Mexico, les essais démontrent la réelle supériorité des machines montées en Good Year. Avec leurs Dunlop, les pilotes des MS80 ne se font pas d'illusions mais comme toujours, rien n'est joué avant l'abaissement du drapeau à damier. Dès le départ, Stewart, pourtant troisième sur la grille, se propulse en tête et mène la meute. Mais après quelques tours, l'écossais manque un rapport et redescend en quatrième place. Avec des gommes moins performantes, les Matra ne peuvent rien faire. La mécanique tient le coup mais la concurrence est déjà loin devant. Ce n'est qu'au pied du podium qu'échoueront les deux MS80 pour leur dernière apparition.