Mais ce qui marqua incontestablement la Malaisie à tout jamais en Formule 1, ce sont les caprices du ciel. Prenez des trombes d’eau de Spa ou Silverstone et ajoutez les à la chaleur infernale d’un Bahreïn ou Yas Marina et vous obtenez un cocktail explosif. La première grosse averse tomba en 2001 peu après le départ. En tête de la course, les deux Ferrari sortirent de piste au même moment au même endroit alors que bon nombre de pilote effectuaient pirouettes et acrobaties. La course fut rapidement neutralisée par la voiture de sécurité, permettant à tous les pilotes de s’arrêter aux stands, un arrêt qui dura plus d’une minutes pour les deux Ferrari, alors dernières de la course. Mais les hautes températures séchèrent la piste rapidement et la course repris de plus belle avec au final, un doublé des voitures rouges ! Huit ans plus tard, la course débute sur le sec mais de gros nuages arrivèrent au-dessus de Sepang. S’en suivit alors un déluge des plus incroyables. Aucunes voitures ne pouvaient tenir la route sur une piste inondée transformant l’épreuve en course de bateau. Le drapeau rouge fut de sortie pour interrompre l’épreuve qui ne repartie pas en raison du trop grand manque de visibilité et de la nuit approchante. Button l’emporta sur sa Brawn mais n’empocha que la moitié des points, la course n’ayant pas excédée plus de 75% de sa distance. C’est la dernière fois qu’un grand-prix fut stoppé dans ces conditions. En 2012, rebelote. Le temps sec du départ ne tint pas et la pluie tomba rapidement. Le jeune Perez tenta un coup de poker en rentrant en premier pour chausser des pneus pluie avant le plus gros de l’averse. Le drapeau rouge fut à nouveau agité, Pérez deuxième, Vergne dans le top 10 avec des pneus intermédiaires, une réelle prouesse. Le temps changea rapidement et la course fut relancée. Les deux McLaren s’envolèrent mais Button toucha Karthikeyan et endommagea sa voiture. Au jeu des arrêts, Pérez prit la tête de la course mais Alonso sur sa modeste Ferrari le dépassa et récupéra la première place. Au fur et à mesure du grand-prix, le mexicain grappilla quelques secondes sur l’espagnol et revint dans son sillage à la fin de la course. Le mexicain commit toutefois une erreur qui le condamna à rester second de la course. Alonso l’emporta à la surprise générale, mais la performance du jour revenait sans conteste au pilote Sauber qui monta sur son premier podium au terme d’une course exceptionnelle. La pluie causa la majorité des incidents à Sepang même si quelques accidents sont à noter, comme Herbert et sa Jaguar en 2000, Fisichella et Webber en 2005, Maldonado en 2011 alors qu’il rentrait aux stands ou encore Alonso en 2013. La sortie la plus impressionnante reste toujours à l’actif de Petrov et sa Lotus en 2011 où le russe décolla sur une petite bosse avant de retomber assez violemment, brisant sa colonne de direction. L'accident de Grosjean durant les essais de 2017 fut aussi très impressionant, une plaque d'égout détachée cuasant l'explosion de son pneu arrière droit et l'envoya directement dans le mur.